Para evitar el contagio hay que matar los microbios portadores de gérmenes de enfermedades. Por ello deben desinfectarse los objetos que han tocado los enfermos y los locales en que han vivido.
Al igual que la esterilización, la desinfección forma parte de las medidas antisépticas exigidas por la higiene colectiva. Se puede desinfectar de diferentes maneras: mediante el calor producido por ciertas estufas, determinados vapores activos que destruyen la vida microbiana. rayos ultravioleta, irradiación atómica, productos antisépticos, etc. La desinfección de llagas y heridas es indispensable para su curación: mientras que el alcohol constituye un remedio enérgico pero doloroso. el agua oxigenada y el mercurocromo son dos productos eficaces que no producen dolor alguno.
Los productos desinfectantes se aplican sobre objetos inanimados, como instrumentos y superficies, para tratar y prevenir las infecciones. Entre los desinfectantes químicos del agua más habituales se encuentran el cloro, las cloraminas, el ozono. La desinfección del agua también puede ser física cuando se emplea la ebullición, la filtración y la irradiación ultravioleta.