Fue un verdadero innovador, que no se limitaba a explicar en su clase con arreglo a lo que decían los textos en boga, sino que llevaba de la mano a los alumnos al profundizar e investigar en los temas, lo que le valió algunos disgustos.
Gran tomista, rebasó el mareo en que sus coetáneos se movían acerca de la interpretación de las doctrinas de Santo Tomás. Promotor decidido del principio de la armonización del libre albedrío con la gracia, llega a afirmar: "La gracia realiza infaliblemente su efecto, sin que el hombre deje de ser libre para ceder o para resistir". El sistema que desarrolló el principio de la congruencia DOCTOR EXIMIUS de la gracia con la libre voluntad humana se llamó congruísmo.
Cuando el inglés Jacobo I trató de someter a los católicos a un juramento de obediencia, el papa Pablo V encargó a Suárez que rechazara razonadamente las pretensiones del rey británico; el padre Suárez escribió su Defensa de la fe católica contra los errores de la secta anglicana, objeto de un breve pontificio en el que se agradecía al autor el servicio prestado a la fe y a la Iglesia. Jacobo I condenó al fuego la obra de Suárez y se dirigió al rey Felipe III de España en queja. Hizo examinar Felipe III el libro y se dirigió al rey inglés elogiando la obra de Suárez y exhortándole a que renegara de las malas doctrinas.
El Parlamento de París condenó el trabajo de Suárez por sus máximas sediciosas.
Marcelino Menéndez Pelayo dice, en su Historia de los heterodoxos españoles: "No hay en toda la Escolástica española nombre más glorioso que el de Suárez ni más admirable libro que sus Disputationes Metaphysicae, en que la profundidad del análisis ontológico llega casi al último límite que puede alcanzar el entendimiento humano. Y Suárez, insigne psicólogo en De Anima, es, con su tratado De Legibus, uno de los organizadores de la filosofía del Derecho, ciencia casi española en sus orígenes, que a él y a Vitoria, a Domingo de Soto, a Molina y a Baltasar de Ayala, debe la Europa antes que a Groot ni a Puffendorf".
Otras obras del doctor eximio son: Defensa de la fe, Sobre el matrimonio, Opúsculos Teológicos, diversos trabajos acerca de la gracia, los sacramentos, la virtud, etc. El padre Francisco Suárez fue sin duda alguna el primer teólogo de su tiempo y uno de los grandes filósofos. Su doctrina jurídica es, en cierta medida, precursora de la de Grocio, y está expuesta en su De legibus ac Deo legislatore.
