El color de los ojos depende de la cantidad de pigmento, melanina, que contengan. Esta sustancia también da el tono a la piel y al cabello. Los ojos castaños contienen gran cantidad de melanina y los azules muy poca. La cantidad de melanina, y en consecuencia el color de los ojos, es heredado, es decir, que una persona lo recibe de sus padres.
Para cada una de las características del cuerpo, tales como color de ojos o cabello, altura y constitución, se requieren dos genes. Uno viene de la madre y el otro del padre.
Los genes son conjuntos especiales de instrucciones que se encuentran en las células. Los genes hacen que una persona determinada tenga el aspecto que tiene. Algunos genes son más fuertes que otros. Si se hereda un gen de ojos castaños y otro de azules, probablemente se tendrán ojos castaños porque éste es un gen más fuerte. Si se heredan dos genes azules, se tendrán ojos azules. A veces, se presentan algunas excepciones.