Un manantial es una salida natural de aguas subterráneas. El agua de las lluvias cae sobre la tierra y una porción de ella penetra en la corteza terrestre y llena los intersticios entre los granos que constituyen los suelos y las rocas subyacentes, así como todas las grietas o aberturas en ellas presentes. Parte de esta agua regresa a la superficie mediante la evaporación y por el uso que de ella hacen las plantas, mientras que el resto se filtra lentamente hacia abajo, según la inclinación de las capas permeables. A una profundidad determinada existe una zona de saturación permanente que se denomina capa de agua freática, cuya superficie superior es llamada nivel freático. La mayoría de los manantiales, ríos y lagos aparecen en lugares en donde la superficie del terreno llega a cortar dicho nivel, lo que permite la salida del agua de la zona de saturación a través de grietas en el fondo o en los lados de la depresión topográfica correspondiente.
Los manantiales cuyas aguas proceden de alguna profundidad debajo del nivel freático siguen manando durante todo el año y se conocen con el nombre de manantiales perennes. Otros, localizados cerca de dicho nivel, fluyen únicamente en la estación de lluvias cuando el agua freática está a su nivel mas alto y no se produce ninguna salida de agua durante la temporada de sequía, cuando las aguas freáticas están a un nivel inferior al de la salida. Estos últimos se llaman manantiales intermitentes.
Las aguas de todos los manantiales llevan alguna cantidad de materia mineral, tal como azufre, sílice o cal, que provienen de las rocas atravesadas por el agua en su recorrido subterráneo. Los manantiales que llevan cantidades elevadas de materia mineral son denominados manantiales minerales.
En ciertos lugares, especialmente en regiones volcánicas, el agua que sale de los manantiales está caliente por su contacto con rocas subterráneas calientes. A este tipo de manantial se le da el nombre de termal, o de manantial o fuente caliente.