Los quesos azules son producto de la acción de unos mohos que producen pigmentos de ese color. Tal vez estos quesos originalmente fueron contaminados en forma accidental por esporas de mohos que flotaban en el aire, los cuales proliferaron en los sótanos y depósitos de quesos y contaminaron todos los que allí se almacenaban.
En la elaboración del queso azul hoy día se procura que el moho crezca en forma deliberada. Para ello se añade a la leche una suspensión con esporas de moho al mismo tiempo que los lactococos, o se rocía o inyecta en los trozos de cuajada, ya sin el suero.
El moho que se usa para elaborar el queso azul se llama Penicillium roquefortii, en honor de Roquefort, Francia. Este queso debe ser poroso pues el moho necesita oxígeno y espacio para crecer. por eso se evita comprimir la cuajada en moldes, como se hace con otros tipos de queso.
Los quesos se dejan escurrir con lentitud pero hay que voltearlos a diario para que no pierdan su forma. La temperatura y la humedad a que deben mantenerse varían según el tipo de queso y su añejamiento, pero las condiciones típicas son de 5 a 15 grados Celsius y entre 90 y 95 % de humedad. La demasía de humedad propicia un crecimiento exagerado de levaduras y bacterias, y la escasez, que se cuartee el queso.
Mientras el queso madura se puede incrementar el suministro de oxígeno para el moho que crece dentro perforando aquél con agujas de acero inoxidable. En el caso del queso Stilton de hacen de 40 a 48 orificios. Como antaño se usaban agujas de cobre, se creía erróneamente que el color azul se debía a que dicho metal se oxida en el queso. Hoy se sabe que el moho no sólo produce el color azul sino también enzimas, que degradan las grasas y las proteínas y producen el sabor característico del queso, además de ablandarlo.